Tous les matériaux ne se coupent pas au laser, et certains produisent des émanations dangereuses ou détruisent la machine. La liste des interdits est courte et doit être connue avant tout essai.
Le polychlorure de vinyle et tous les plastiques chlorés dégagent du chlorure d'hydrogène, corrosif pour les voies respiratoires et pour les optiques et les guidages de la machine. Le polytétrafluoroéthylène, les mousses de polyuréthane, les matériaux contenant du brome ou des ignifugeants halogénés, le cuir tanné au chrome et les composites à fibre de carbone posent des problèmes analogues. Les matériaux fortement réfléchissants renvoient le faisceau vers la source sur les machines non conçues pour eux.
La découpe produit fumées et particules fines. Une extraction dimensionnée, avec filtration à haute efficacité et charbon actif ou rejet à l'extérieur, n'est pas une option. Le local doit être ventilé et l'exposition des opérateurs évaluée.
Les machines fermées avec verrouillage relèvent de la classe la plus protectrice et n'exposent pas au faisceau ; les machines ouvertes imposent des lunettes adaptées à la longueur d'onde, les lunettes d'un laser ne protégeant pas d'un autre. Le risque d'incendie est réel et permanent : une machine en marche ne se laisse jamais sans surveillance, et un extincteur adapté doit être à portée de main.